企业拥有的知识产权是衡量企业创新能力重要指标，也是是高新企业申报创新能力评价重要指标，占30分权重。其中，技术先进程度（8分）、核心支撑作用（8分）、数量（8分）、获得方式（6分）。而且，知识产权的数量、技术水平、对产品支撑作用还涉及高新企业申报的科技成果转化评价模块。也就是说，企业知识产权的数量和质量是高新企业申报评价60分权重的核心。
不同类型知识产权可用于申报次数不同、分值不同。发明专利、植物新品种、农作物品种、新药、中药保护品种、集成电路布图设计专有权等属Ⅰ类知识产权；实用新型、外观设计、软件著作权等（不含商标）属Ⅱ类知识产权。Ⅰ类知识产权可以重复多次用于高新企业申报，Ⅱ类知识产权只能用于申报一次。
企业知识产权规划的核心工作是从研发项目的创新成果中提炼出具有专利申请和保护价值的技术创新点和方案。企业主要是通过解决日常生产技术问题、完成的研发项目成果中挖掘申报，日常要注意跟踪和评估竞争对手的知识产权，谋划好知识产权的整合、规避、交叉许可。
1、 自主知识产权的相关性
依据《国家重点支持的高新技术领域》，企业的产品（服务）范围应属于以下八大类：电子信息技术、生物与新医药技术、航空航天技术、新材料技术、高技术服务业、新能源及节能技术、资源与环境技术、高新技术改造传统产业。
企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%；企业应提供花名册和相关证书，其中花名册应注明：姓名、身份证号、学历、专业、职称等（统计的人员以与企业签订劳动合同的为准），证书包括：学历证书、职称证书（原则上只需要提供部分证书，但部分企业会被要求提供全部人员的证书）。
2、自主知识产权的时间性
发明专利从申请到取得证书至少需要3年，企业在申报发明专利时要提前做好规划。对于时间有限的企业，可以考虑采用受让的方式取得发明专利，转让手续办理时间一般为一个月左右。实用新型、外观设计一般申报时间需要6-12个月的时间，一般当年申报即可取得专利证书，申请软件著作权的期限为2-3个月，一般软件开发类企业适用较多，其他企业可以酌情申请，但要确保与主业的相关性。
3、 自主知识产权的核心性
核心性是“核心自主知识产权”最重要的特征，对于拟申报高新技术企业资格的企业来说，其所运用的技术内容本身即是企业开展业务的根本，高新认定是对这种技术内容进行认可、鉴定和证明的过程，应当注意在该过程中对企业先进技术内容的保护。
在我国目前的知识产权保护机制下，知识产权与技术秘密的关系是高新技术企业认定规则所不得不考虑的问题。按照我国知识产权的保护思路，一项能够被认定为知识产权的技术内容，当事人可以选择知识产权申请的公开化保护和技术秘密的秘密性保护两种方式。
公开化的情况下，由于知识产权的证明需要，权利人公开其核心技术和独创性内容任何其他人都可以参阅并利用其技术文件，只要支付报酬，便可使用。而在选择成为技术秘密的情况下，虽然显像的经济利益受损，但却具有较高的隐蔽性，能够为权利人带来更大的预期价值。技术秘密作为商业秘密得到立法的认可，并在经济立法、刑事立法中均受到保护。
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